Manucharyan ondertekende in 2005 een contract bij Ajax. Mede door blessureleed wist de 23-jarige aanvaller nooit door te breken in de hoofdmacht van de Amsterdammers. Na zijn debuut in de met 4-2 verloren uitwedstrijd tegen AZ (18 september 2005) speelde hij nog maar twaalf wedstrijden in Ajax 1. De linkspoot scoorde eenmaal in dertien duels.
Vorig seizoen kwam Manucharyan op huurbasis uit voor HFC Haarlem en AGOVV Apeldoorn. Vrijdag werd door Ajax een einde gemaakt aan de samenwerking.

