Pulis werd in november 2002 manager van Stoke, dat toen nog op het tweede niveau uitkwam. In het seizoen 2005/2006 was Nederlander Johan Boskamp trainer in het Brittania Stadium, maar Pulis keerde na een seizoen bij Plymouth Argyle weer terug in Stoke-on-Trent. Na de promotie in 2007 maakte Pulis met een opvallend fysieke en opportunistische speelstijl een tegenstander om ook in de Premier League rekening mee te houden. Vooral de verre ingooien van Rory Delap riepen jarenlang veel weerzin op bij veel tegenstanders.
Met Stoke City behaalde Pulis in het seizoen 2010/2011 de finale van de FA Cup, waarin het met 1-0 verloor van Manchester City. Het betekende wel dat Stoke City voor het eerst sinds het verlies tegen Ajax in 1974 weer Europa in mocht. Daarin overleefde het de poulefase, maar werd het later uitgeschakeld door Valencia.
Dit seizoen moest Stoke City door de kleine verschillen in het rechterrijtje zelfs nog even vrezen voor degradatie naar de Championship, maar eindigde het uiteindelijk als dertiende. Het bestuur van Stoke City wil nu op zoek naar een nieuwe manager.
