Jonker was eerder al technisch manager bij de KNVB. "Dat is inmiddels al meer dan tien jaar geleden, nadat Louis van Gaal opstapte bij de voetbalbond", zegt Jonker tegen Voetbal International. "Destijds ben ik nog een half jaar aangebleven als technisch manager, waarna Louis me meenam naar Barcelona."
De Amsterdammer was later ook assistent-trainer van Van Gaal bij FC Bayern München. In Nederland was de oefenmeester actief bij Willem II, FC Volendam en MVV.

