In de hoofdstad is hij de opvolger van Kenneth Vermeer, die zo goed als zeker naar Feyenoord vertrekt. In Amsterdam moet de 33-jarige Boer gaan concurreren met Jasper Cillessen.
Boer maakte in maart 2003 zijn debuut in de hoofdmacht van PEC Zwolle. Sindsdien stond hij al die tijd onder contract in het IJsseldelta Stadion.