De 28-jarige Fernandez debuteerde in 2006 in het betaald voetbal bij ADO Den Haag, waarna hij na twee jaar naar Excelsior vertrok. Daar speelde hij zo goed, dat hij in 2011 een transfer naar zusterclub Feyenoord verdiende. In het seizoen 2013/14 werd hij verhuurd aan PEC Zwolle.
Bij Valladolid hoopt Fernandez zijn loopbaan nieuw leven in te blazen. De voormalige club van de Nederlands-Bosnische Haris Medunjanin degradeerde vorig seizoen uit de Primera Division en staat op dit moment derde op het tweede niveau, met twee punten achterstand op koploper Girona.