Been stond tussen 2006 en 2009 ook al aan het roer bij NEC. En niet zonder succes. Met de Gelderse Eredivisionist greep de trainer toen Europees voetbal. In de Europa League overleefde hij zelfs de groepsfase. Voor zijn eerste periode in Nijmegen, was de oud-speler van Feyenoord ook succesvol bij Excelsior. In zijn eerste klus als hoofdtrainer promoveerde hij gelijk met de Kralingers naar de Eredivisie.
Na NEC mondde zijn gedroomde avontuur als hoofdcoach bij Feyenoord uit in een sof. Met een bekerfinale en vierde plaats was zijn eerste seizoen bij de door financiële ellende geplaagde club nog prima. Maar uitschakeling in de voorronde van de Europa League, een 10-0 nederlaag bij PSV en het ontslag van technisch directeur Leo Beenhakker deden zijn positie geen goed.
Voorafgaand aan zijn derde seizoen kwam het tot een spelersstemming over de hoofdcoach. Dertien van de achttien selectiespelers zegden het vertrouwen in hem op. Been legde om die reden zijn functie neer en ging aan de slag bij RC Genk. Ook daar was er weer succes. Zo werd de beker gewonnen, bleef Genk 17 officiële duels achtereen ongeslagen en overwinterde de club tweemaal achtereenvolgend in de Europa League.
Ook hier ging het in zijn derde seizoen mis. In februari 2014 bleef Genk onder Beens leiding zo lang resultaatloos dat de clubleiding hem ontsloeg. Sindsdien verricht Been televisiewerkzaamheden voor Fox Sports. Maar de Rotterdammer gaf daarbij altijd aan open te staan voor een nieuw trainersavontuur.