Rafael tekent in Frankrijk voor vier jaar. Volgens Britse media ontvangt Machester United drie miljoen voor de speler, die mede door blessureleed vorig seizoen weinig speelde in de hoofdmacht van The Red Devils. Door de komst van Matteo Darmian belandde Rafael op het tweede plan.
In 2008 kwam hij samen met zijn tweelingbroer Fábio naar Manchester, na een verblijf bij het Braziliaanse Fluminese. Onder Sir Alex Ferguson kon de tweeling op veel speeltijd rekenen, maar onder diens opvolger David Moyes ging het mis. Rafael belandde op de bank, Fábio vertrok naar Cardiff City. Nu gaat Rafael dus naar Olympique Lyon.