Favalli kwam via Cremonese en Lazio Roma in 2004 terecht bij Internazionale. Twee seizoenen later durfde hij het aan de overstap te maken naar stadsgenoot en aartsrivaal AC Milan. Die club zocht toen naar een stand-in van Paolo Maldini die destijds met knieproblemen kampte.
Voor AC Milan speelde de linkerverdediger in drie seizoenen 65 competitieduels. Daarin scoorde de Italiaan tweemaal.

