PSV
Als kampioen was PSV toen nog automatisch geplaatst. De ploeg van Guus Hiddink kwam bovendien met grote verwachtingen aan de start, het seizoen ervoor hadden ze immers maar op het nippertje de finale gemist. PSV werd ingedeeld in een pittige poule met verliezend finalist AC Milan, Schalke 04 en Fenerbahçe. Op basis van uitstekende resultaten in het Philips Stadion kwam de ploeg een ronde verder. In eigen huis won PSV alle wedstrijden zonder een doelpunt te slikken. Bijzonder was de 1-0 tegen AC Milan met het glansoptreden van een zeventienjarige Ismaïl Aissati. Jaap Stam kreeg overigens nog rood.
In uitwedstrijden ging het beduidend minder. In San Siro speelde PSV knap 0-0, bezoekjes aan Gelsenkirchen en Istanbul eindigden met ruime verliesbeurten. Dat gaf alleen niet: de tweede ronde was toch een feit. Daarin stuitte PSV op Olympique Lyon, de Franse ploeg die vorig jaar na strafschoppen was gestrand in een Brabantse nacht. Dit was het moment van wraak. 0-1 in Eindhoven door een vrije trap van Juninho. In Gerland waren de cijfers harder: Lyon versloeg PSV met 4-0. Het jaar erop was PSV Europees gewoon terug, in de Champions League won de ploeg van Arsenal en reikte zo tot de kwartfinale.
Ajax
Als nummer twee moest Ajax toen ook voorrondes spelen. Wel tegen slechts één ploeg en niet zoals tegenwoordig drie. Bröndby uit Denemarken was toch al een taaie klip om te omzeilen, zeker toen Johan Elmander de gasten in de return op 0-1 zette. Wesley Sneijder zette vervolgens met twee goals orde op zaken: Ajax won met 3-1 en betrad de groepsfase. Daarin was het lot de Amsterdammers bijzonder gunstig gezind. Oké, ze zaten ook in pot 2 en mochten dus wel een haalbare kaart verwachten, maar Sparta Praag en FC Thun zijn geen sterrenploegen. De vierde naam in poule B, Arsenal, was dat natuurlijk wel.
De ploeg van Danny Blind speelde in Praag 1-1 ondanks een groot overwicht. Toen Arsenal in de ArenA won, zag het er bleekjes uit. Drie wedstrijden later was Ajax toch geplaatst. Thun werd uit en thuis geklopt, in Amsterdam gingen ook de lastige Tsjechen voor de bijl. Het maakte dat de slotwedstrijd op Highbury, het iconische stadion dat zijn laatste gebruiksseizoen kende, er eentje voor de eer was. Arsenal en Ajax scheidden zich met een 0-0, de Gunners zouden tot de finale reiken. Ajax niet. In de tweede ronde volgde het tweeluik met Internazionale. Ajax kwam warempel 2-0 voor in een overrompelende openingsfase. Het zou erbij blijven: Inter bracht de stand terug op 2-2. Daarmee waren de kansen verkeken, in Giuseppe Meazza won Inter droogjes met 1-0.
