De vleugelverdediger speelde sinds zijn komst 79 competitiewedstrijden voor Atlético. Hij scoorde daarin twee doelpunten. De international zat bij de selectie van Spanje voor het EK van 2012. Hij speelde tijdens dat toernooi echter geen enkele minuut voor de EK-winnaar.
Juanfran komt uit de jeugdopleiding van Real Madrid. Via Espanyol en Osasuna belandde de 28-jarige verdediger in 2010 bij Atlético Madrid. Daar won hij in 2012 de Europa League en de Europese Supercup. Vorig seizoen legde hij beslag op de Copa del Rey.

