Met 29 treffers wordt Makaay in het seizoen 2002/'03 topscorer van Europa. De toenmalige scherpschutter van Deportivo la Coruña blijft in dat jaar PSV-er Mateja Kezman voor in het klassement om de Gouden Schoen. Makaay is de eerste Nederlander sinds Marco van Basten in 1986 die het pronkstuk op zijn schoorsteenmantel kan zetten.
Met Deportivo wordt Makaay in 2000 landskampioen in Spanje, nog steeds de enige titel van de club uit Galicië. In 2002 verpest Makaay met Deportivo het eeuwfeest van Real Madrid door de bekerfinale in Santiago Bernabéu met 1-2 te winnen. Zowel in 2000 als 2002 pakt Deportivo ook de Spaanse supercup.
Na zijn transfer in 2003 naar Bayern München voor een som van ruim 19 miljoen euro, gaat Makaay in Duitsland verder met het vullen van zijn prijzenkast. Hij wint de Duitse supercup in 2004 en de dubbel in 2005 en 2006. Op 7 maart 2007 scoort Makaay al in de elfde seconde in de thuiswedstrijd tegen Real Madrid (foto), nog altijd een record in de Champions League. In totaal scoort hij liefst 103 goals in het shirt van de Rekordmeister.

