Voornaamste twistpunt is het voorvoegsel AFC, dat ook voorkomt in de officiële naam van AFC Ajax. "Hier hebben wij ons als club op verkeken. Wij dachten dat Almeerders nog altijd veel leunen op hun verleden in Amsterdam. Dit blijkt meer voor de wat oudere Almeerders op te gaan en niet voor deze jongere jongens. Zij zijn juist trots op hun Almeerse indentiteit", zegt voorzitter René ter Borgh tegen Almere Vandaag.
Zelf vindt Ter Borgh de kritiek op de gelijkenis met de naam van Ajax overdreven. "Ajax wordt nooit AFC Ajax genoemd. Dat zal in het geval van AFC Almere City ook zo zijn. Het staat ook niet in ons logo. Ik heb de fans toegezegd hun klacht voor te leggen aan de raad van commissarissen. Als blijkt dat het gevoel van de supporters breed gedragen wordt, zullen wij hier actie op ondernemen. Wij gaan uiteraard wel onderzoeken of er draagvlak is om AFC van de naam af halen. Dit zou bijvoorbeeld kunnen door de seizoenkaarthouders te bevragen."

