Na het kampioensjaar vertrok Steve McClaren naar VfL Wolfsburg. Ook spits Blaise Nkufo verliet na zeven jaar de club en het contract van Pérez werd niet verlengd. Andere uitgaande transfers waren Denneboom, Stoch, Chery, Arnautovi?, Stam en Tioté. Twente haalde ook de nodige versterkingen binnen. Marc Janko werd voor een recordbedrag gehaald van Red Bull Salzburg. Daarnaast werden Bajrami, Bengtsson, Chadli, Rosales en Landzaat aangetrokken. Michel Preud'homme volgde McClaren op als nieuwe hoofdcoach.
In de voorbereiding werd de Johan Cruijff Schaal gewonnen tegen Ajax. Luuk de Jong, die op jonge leeftijd aan het doorkomen was, tekende voor de enige goal. Goede hoop dus voor de eerste deelname aan de UEFA Champions League. De Tukkers zaten in een poule met Internazionale, Tottenham Hotspur en Werder Bremen. Twente debuteerde direct in de Champions League tegen de regerend kampioen. In Enschede werd een knap gelijkspel verdiend. Inter kwam via Wesley Sneijder al vroeg op voorsprong, maar dankzij Theo Janssen en een eigen goal van Diego Milito werd deze achterstand al snel omgebogen. Vlak voor de rust tekende Samuel Eto’o voor de 2-2, wat ook de eindstand was.
Op White Hart Lane wist Twente met 0-0 de rust te halen. Al snel daarna was het opnieuw een Nederlandse aanvallende middenvelder die voor de 1-0 zorgde. De Spurs van Rafael van der Vaart lieten in de tweede helft niet veel van Twente over. Uiteindelijk werd het 4-1. Gareth Bale en Nacer Chadli kwamen nog tot scoren.
Thuis werd ook tegen Werder Bremen een punt gehaald. Een kwartier voor tijd tekende Theo Janssen voor de 1-0, maar die werd vijf minuten later al teniet gedaan door Arnautovi?, die het jaar ervoor nog bij Twente onder contract stond. De belangrijke uitwedstrijd in Bremen wist Twente met 0-2 te winnen door twee goals in de laatste tien minuten (van Chadli en De Jong).
In San Siro werd met 1-0 verloren van Inter dankzij een goal van Cambiasso na de rust. Tegelijkertijd won Spurs echter met 3-0 van Werder Bremen, waardoor Twente zeker was van een vervolg in de Europa League. In deze competitie werd uiteindelijk de kwartfinale bereikt. De laatste wedstrijd in de Champions League was een vermakelijke, thuis tegen Tottenham Hotspur. Uiteindelijk werd het 3-3, met doelpunten van Landzaat, Rosales en Chadli. Jermain Defoe scoorde er twee namens de Spurs. Sander Boschker kreeg voor het eerst een basisplaats en werd daarmee de oudste Nederlander ooit in de Champions League, een record dat later verbroken werd door Edwin van der Sar.
