Door deze goed ontwikkelde eigenschappen werd hij in 1991 opgepikt door de Italiaanse grootmacht AC Milan, al was de concurrentie voor hem groot. Met namen als Ruud Gullit en Marco van Basten.
AC Milan besloot daarop om de nog onervaren Élber te verhuren aan het Zwitserse Grasshoppers uit Zürich. Dit bleek een goede keuze voor hem, al was het eerste seizoen wel zwaar voor de club maar mede door de goals die Élber maakte werd degradatie voorkomen. Het seizoen erop ging het veel beter, Grasshoppers mengde zich weer in de titelstrijd en door de vele goals die Élber dat seizoen maakte werd de Zwitserse beker gewonnen. Zijn goede prestaties leverde hem echter geen debuut bij AC Milan op, maar wel een transfer naar VfB Stuttgart, die het wel aandurfde met de goalgetter in de dop.
Dit bleek al snel een gouden greep. Bij Stuttgart werd al snel gesproken over de 'magische driehoek' die hij vormde met Fredi Bobic en Krasimir Balakov. In zijn Stuttgart-tijd begon Élber zich steeds meer te ontpoppen als een topschutter, hij ging elk seizoen ruim over de 10 goals heen en mengde zich steevast in kop van de topscorerslijst. Deze knappe prestaties bleven niet onopgemerkt en de grootste club uit Duitsland had verregaande interesse in de spits. Bayern München trok Élber in 1997 voor een bedrag van 6,25 miljoen aan, een bedrag waar je in deze tijd zeker geen spits van zijn formaat kan halen.
In zijn Bayern-periode groeide Élber pas echt uit tot een spits van wereldklasse. AC Milan zal zich toen nog wel eens achter de oren hebben gekrabd, dat zij hem zo makkelijk de deur uit hebben laten lopen. Ook de prijzenkast van Élber werd aardig bijgevuld toen hij in München actief was. Vier keer achter elkaar won hij met Bayern de Duitse titel en hij mocht in 2001 de felbegeerde Champions League-beker in de lucht houden. In 2002 maakte hij zijn 107e en 108e doelpunt in de Bundesliga en daarmee ging hij de Zwitser Stéphane Chapuisat voorbij en werd succesvolste buitenlander in de Bundesliga.
Tijdens de zomer van 2003 kreeg Élber behoorlijke concurrentie van Roy Makaay en Claudio Pizarro, en toenmalig coach Ottmar Hitzfeld dacht dat het beter zou zijn als Élber zou vertrekken en dat gebeurde ook. Hij vertrok in de richting van Frankrijk en ging spelen voor Olympique Lyon. Ondanks dat hij daar wel 10 goals maakte en kampioen werd, was hij niet geheel gelukkig en na twee jaar ging hij weer terug naar Duitsland. Toch haalde hij door slepende blessures zijn ooit zo hoge niveau niet meer. Élber ging nog geruisloos terug naar zijn vaderland Brazilië om voor Cruzeiro te spelen maar ook hier liep het niet meer.
In 2006 mocht 'Il Giovane Élber' voor 69.000 fans in de Allianz Arena in München zijn afscheidswedstrijd spelen. Echter ging de wedstrijd wel verloren, maar dat deed er niet toe. Hij nam met een ereronde afscheid van zijn fans en werd door Bayern München nog gekroond tot erelid van de club. Giovane Élber, een unieke spits die je niet snel meer tegenkomt en hij mag zeker tot één van de betere goalgetters gerekend worden die in Europa hebben rondgelopen.
